Gmina leży w zachodniej części Liptowa strumienia Malatianky. Wioski o nazwie Malatíny – Wyszne, Niżne i Środkowe (Vyšné, Nižné, ale aj Prostredné), powstawały od średniowiecza w okolicy strumienia Malatianka w środkowej części Liptowa w sąsiedztwie bardzo starych słowiańskich kompleksów osiedleniowych jakimi były Lubcza i Lubela (Ľupča a Ľubeľa). Tak samo stara jest też nazwa strumienia Malatianka.

W 1268 roku wspomina się dolina strumienia Malatianka w donacji od Beli IV Markusowi i jego synowi Mikulaszowi, przodkom ziemiańskiego rodu Filpesowców z Liptowskich Klaczan (Liptovskich Kľačan). Majątek Malatinsky był własnością przed rokiem 1341 ziemianina Mece (Maciej), który miał także udział majątkowy w sąsiednim majątku lubelskim jeszcze w 1359 roku. Według niego nazywało się pierwotne osiedle na terenie Malatinów – Mecefeld (Mecego ziemia). Majątek ten (Vyšný a Nižný Malatín – possessionum Malatiny et Alterius Malatiny seu Meczefuld) został ponownie królewskim majątkiem. Król Karol Robert przed 1341 rokiem darował majątek w środkowej części doliny rzeki Malatianky synom Batisa i Demka w zamian za majątek Belsko, który został dołączony do Dworu Hradockiego. Dwa Malatíny istniały już w połowie XIV wieku. Najstarszym osiedlem był jednak Nižný Malatín.Średni Malatín powstał aż pod koniec XIV wieku. Jednak w XVI wieku zanikł, ale później wioska ponownie powstała.

Nižný Malatín należał do ziemian Malatínskowców, później także do Feherpátakyowców i Kiselowców. Żyła tutaj także rozgalęziona rodzina libertynów Sokolowców. Średni Malatin należał do ziemian Pethöovców. Gminy połączyły się w jedną po roku 1888 i używali nazwę Trzy Malatiny (Hárommalatin). Dzisiejszą nazwę używa gmina od 1927 roku.

Mieszkańcy zajmowali się od początku rolnictwem i hodowlą, później garbiarstwem a od XIX wieku dniówkarstwem. W okresie Pierwszej Republiki Czechosłowackiej rozwijało się tutaj oprócz gospodarki rolnej także sukiennictwo i koszykarstwo. Podczas SPN w gminie była siedziba oddziału partyzanckiego Jegorów. W 1956 roku powstała tutaj jednolita spółdzielnia rolnicza a w 1966 roku dołączyła do majątku państwa w Liptowskim Mikulaszu.

Malatíny w średniowieczu należały do prawomocy kościoła księdza w Świętym Michale wraz z parafią z Nemeckou (Partizánskou)  Ľupčou i Liptovskými Sliačmi. Po powstaniu samodzielnej parafii w Ľupči, Malatíny zostały jej filiami. Dzieci ziemian z Nižného i Vyšného Malatína odwiedzały według możliwości i potrzeby szkołę niedalekiej Nemeckej (Partizánskej) Ľupči od końca XVI wieku. Przestawiciele gminy Nižné Malatíny starali się więcej razy w XIX wieku założyć w gminie szkołę. W 1885 roku nawet przedstawiciele gminy oficjalnie poprosili szkolnego inspektora w Liptowskim Mikulaszu o zezwolenie na założenie szkoły państwowej w gminie. Wniosek jednak został odrzucony z uzasadnieniem, że do pobliskiej Nemeckej Ľupče jest na piechotę parę minut i pomyślnie tam działa szkoła rzymskokatolicka, ewangelicka oraz państwowa.